Avant que les mutants n’aient révélé leur existence au monde, et avant que Charles Xavier et Erik Lehnsherr ne deviennent le Professeur X et Magneto, ils n’étaient encore que deux jeunes hommes découvrant leurs pouvoirs pour la première fois. Avant de devenir les pires ennemis, ils étaient encore amis, et travaillaient avec d’autres mutants pour empêcher la destruction du monde, l’Armageddon. Au cours de cette opération, le conflit naissant entre les deux hommes s’accentua, et la guerre éternelle entre eux éclata…

L'évolution de la vie passerait par des périodes de mutation massives. L'humanité vit l'une de ces périodes. Ainsi, plusieurs humains, qualifiés de mutants, possèdent des pouvoirs extraordinaires, ce que craint la population en général.
Devant ce fait, certains mutants se divisent en deux groupes. Ceux ayant à leur tête le professeur Charles Xavier ou encore appelé professeur X, un puissant télépathe qui prône une collaboration avec les humains "normaux", et ceux ayant à leur tête Erik Lehnsherr, plus communément appelé Magnéto, capable de créer de puissants champs magnétiques et prônant une attitude agressive envers les humains "normaux". Cette attitude contre le genre humain est certainement le reflet de son emprisonnement alors qu’il n’était qu’un enfant, dans un camp d’extermination nazi.

Xavier a fondé, au nord de Salem (Massachusetts), au bord d’un lac, un institut qui entraîne de nombreux élèves et ayant pour couverture le fait que ce soit un institut pour "surdoués". Les membres de cet institut sont alors appelés les X men.
De son côté, Magneto, animé d’une haine grandissante envers son ancien ami Charles Xavier, décida de monter également son propre institut afin de faire concurrence à celui des X men. L’institut pris le nom de Confrérie, et fut établi de l’autre côté du lac, en signe de provocation

Des mutants appelés "Sensors", et appartenant à l'une ou l'autre des deux instituts, sont chargés de trouver leurs semblables aux quatre coins du globe et ainsi les rallier à leur cause, tout en les aidant à maîtriser leurs dons